Dal 1 gennaio 2004 in Italia e in tutti gli Stati membri dell'Unione Europea dovranno entrare in vigore nuove regole riguardo la fatturazione elettronica. Da tale data, infatti, viene previsto l'adeguamento degli ordinamenti nazionali alla normativa sull'archiviazione elettronica delle fatture prevista dalla Direttiva 2001/115/CE.
Come è stato notato, "la fatturazione elettronica costituirà l'evoluzione dell'attuale invio di fatture tramite il proprio sistema informativo, direttamente al sistema informativo del cliente o del suo commercialista, senza che sia più necessaria la stampa su carta e la registrazione da parte dell'operatore".
La Direttiva, all'art.2 lettera e), definisce la trasmissione e archiviazione di una fattura per via elettronica come la trasmissione o la messa a disposizione del destinatario e l'archiviazione effettuate mediante attrezzature elettroniche di trattamento (inclusa la compressione numerica) e di memorizzazione dei dati, e utilizzando fili, radio, mezzi ottici o altri mezzi elettromagnetici. La Direttiva prevede, quindi, che le fatture possano essere trasmesse anche per via elettronica, previo accordo della controparte. Gli Stati membri riconosceranno la validità delle fatture elettroniche a condizione che l´autenticità dell'origine e l´integrità dei dati siano garantiti tramite l´utilizzo del sistema di firma elettronica o del sistema di scambio elettronico dei dati Edi. Le stesse cautele devono essere prese per l´archiviazione elettronica delle fatture stesse. Ancora ad una ricerca garantista è volta la disposizione che permette agli Stati membri di stabilire condizioni specifiche per l'emissione per via elettronica di fatture relative a cessioni di bene o a prestazioni di servizi effettuate sul loro territorio, a partire da un paese con il quale non esiste alcuno strumento giuridico che disciplini la reciproca assistenza.
Ogni soggetto passivo dovrà provvedere all'archiviazione di copie delle fatture emesse da lui stesso, dal suo cliente o, in suo nome e per suo conto, da un terzo, nonché delle fatture che ha ricevuto. Il soggetto passivo, poi, potrà stabilire il luogo di archiviazione, a condizione di mettere a disposizione delle autorità competenti tutte le fatture o informazioni così archiviate. Gli stati membri, da parte loro, potranno obbligare il soggetto passivo ad archiviare le fatture all'interno del paese, qualora l'archiviazione non sia stata effettuata tramite un mezzo elettronico che garantisca un accesso completo e in linea ai dati in questione.
La Direttiva elenca una serie di elementi che dovranno essere obbligatoriamente inseriti nella fattura, tra i quali: la data del suo rilascio; un numero sequenziale, che identifichi la fattura in modo univoco; il numero di identificazione ai fini dell'imposta sul valore aggiunto;
nome e indirizzo completo del soggetto passivo e del suo cliente; quantità e natura dei beni ceduti o entità e natura dei servizi resi; data in cui è effettuata la cessione di beni o la prestazione di servizi o data in cui è corrisposto l´acconto, se diversa dalla data di emissione; base imponibile per ciascuna aliquota o esonero, prezzo unitario, nonché eventuali sconti, riduzioni o ristorni se non sono compresi nel prezzo unitario; aliquota d'imposta pertinente; importo dell'imposta da pagare; in caso di esenzione o quando il cliente è debitore dell' imposta, il riferimento alla relativa disposizione comunitaria, alla disposizione nazionale corrispondente o a altre informazioni che indichino che la cessione è esonerata o soggetta alla procedura di reverse charge ; in caso di cessione intracomunitaria di mezzi di trasporto nuovi, i dati relativi alla qualifica del bene.
Per facilitare le piccole imprese, gli stati membri possono prevedere che nelle fatture non compaiano alcune delle indicazioni menzionate quando l'importo della fattura è esiguo o quando le pratiche commerciali o amministrative del settore di attività interessato o le condizioni tecniche di emissione delle suddette fatture rendono difficile il rispetto di tutti gli obblighi indicati in precedenza.
Lo Stato membro di archiviazione può essere diverso rispetto a quello dove l'impresa ha sede. In questo caso, lo Stato membro di residenza del soggetto passivo avrà il diritto di accesso per via elettronica ai dati contenuti nelle fatture stesse a fini di controllo.